20 Ekim 2016 Perşembe

Biyologlar Ne Yapar?- Laboratuvarda Bir Günüm

Bu yazımı daha çok lise öğrencilerine ya da biyolojiyle alakalı bir bölüm okumayan arkadaşlara hitaben yazıyorum. O yüzden biyolog olanlara biraz sıkıcı ya da bayağı gelebilir:) Ama bölümle yakından uzaktan alakası olmayan insanlara bu basit şeyleri anlattığımda bayağı bir etkileniyorlar:)

Biyolojide birçok farklı çalışma alanı ve birçok farklı model organizma var. Genetik hastalıklar, evrim, protein yapısı, genom, transkripsiyon, epigenetik, nöroloji vb. birçok alan var ve tabi ki benim burada adını söylemediğim alanlar da...(Türkçelerini bulmak zor gelmedi desem yalan olur). Model organizma dediğimiz şey de çalışma  alanına ve konusuna uygun bitki, hayvan, bakteri, virüs ve benzeri canlılar. (Bakteri ve virüsten emin olamadım tekrar okuyunca, bakterilere organizma denilir mi ki ?)En son duyduğum ilginç bir konu kazanılmış bağışıklık konusunu zebrafish (zebra balığı) üzerinde çalışmaktı sanırım..

Bana göre çok genel anlamda yaptığımız şey hücrenin içindeki kompleks DNA, RNA ve proteinler arası ilişkileri araştırmak, hücre içinde bu yolaklar arasındaki bağlantıları kurarak hücrenin içindeki moleküllerin görevlerini anlamaya çalışmak. Bunun yanında hücreler arası iletişim, doku ve organ seviyesinde de araştırmalar tabi ki var. Fakat onlar da yine DNA, RNA ve protein seviyesindeki farklı levellerden geçiyor..  Sonuçta eğer araştırma konusu medikal seviyeye taşınabilecek bir konuysa yeni bir ilacın veya aşının, kanser vb. hastalıkların tedavisinde kullanılabilecek yeni yöntemlerin ya da genetik taşınan hastalıklara sahip bireylerde tedavinin keşfini sağlayabilir. Eğer medikal alanda bir kullanımı yoksa, ki bence her çalışmanın illa ki bir katkısı var,  çalışma evrimi kanıtlamaya (ya da daha güzel söylemek gerekirse evrimsel biyoloji) yönelik oluyor daha çok. Yani ben böyle algıladım olayı daha çok..

Laboratuvarda yapılan ve çok da komplike olmayan birkaç şeyden bahsetmek istiyorum gözünüzde biraz resimler oluşturmak için. Sadece metot olarak... Örneğin kullanılan model organizmanın bir parçasından ya da tümünden DNA çıkarmak, bu DNA'nın belli bir bölgesine genetik manipülasyonda bulunmak, mesela bir kısmını kesip atmak ya da başka bir canlıdan alınan geni eklemek, DNA'nın belli bir bölgesini çoğaltarak bilgisayar ekranında gözle görülebilir hale getirip uzunluğunu belirlemek, DNA nın istenilen bir bölgesini sekanslayarak A,T,G,C dizisini belirlemek, yapılan genetik manipülasyonun DNA'dan oluşturulan protein, hücre ve organizma üzerindeki etkisini belirlemek, yeni genler bulmak vb. 

Şu ana kadar farklı laboratuvarlarda staj yapma imkanım oldu. Lablarda kullanılan model organizmalar arasında, kurbağa, aiptasia (Türkçesi var mı ki? deniz mercanlarına yakın), deniz mercanları, drosophila (sinek, genetiğin kraliçesi), zebra balığı, medaka balığı, A. thaliana (bitki), tavuk ve fare var. Daha fazlası da var.. Her birinin kendine has avantajları ve dezavantajları var. Bunlara şimdi girmek istemiyorum yoksa bitmeyecek yazı:)

Bence en güzeli bugün neler yaptığımdan örnekler vererek açıklamak. Şu an Japonya'da bir labda staj yapıyorum ve çalışma alanı medaka balığında cinsiyetin nasıl belirlendiğini araştırmak. Ne alaka değil mi:) Medaka balığının birçok farklı türü var ve bunlarda cinsiyetin belirlenmesi farklı kromozom yapılarına bağlı olabiliyor, hatta bazen sadece sıcaklığa bağlı. Örneğin, memelilerde yani mesela bizde X ve Y kromozomları var cinsiyet kromozomları olarak; XX dişi, XY erkek. Ama bazı balıklarda hatta tavukta da böyle, Z ve W kromozomları var cinsiyeti belirleyen ve ZW dişi iken ZZ erkek. Ama bazı balıklarda durum XX ve XY. Bazılarında ise hatta sürüngenlerde de sıcaklığa bağlı olarak belirleniyor cinsiyet...

Burada amaç cinsiyeti belirleyen geni bulmak, henüz bilinmiyor bizim üzerinde çalıştığımız medaka balığı türü için. Biz de DNA üzerinde cinsiyeti belirleyebileceğini düşündüğümüz genleri DNA'dan çıkarıyoruz (evet, direkt hedef alabiliyoruz artık spesifik bir bölgeyi). Sonra bakıyoruz ne olmuş hayvana. Ben, mesela, bugün maalesef hayvan severleri üzen şeyler yaptım (laboratuvarda bunlara alışık olmak lazım bu alanı düşünüyorsanız) ve hayvanları deney için kurban etmek zorunda kaldım. Çünkü testis ve yumurtalıkları inceleyip normal bir balıkla kendi yarattığımız mutant balığı karşılaştırmak zorundayız. 

Balıkları dişi ve erkek olarak ayırdım, sadece yüzgeçlerine bakarak bunu yapabilirsiniz. 

Dişi ve erkek medaka balığı
Daha sonra anesteziye aldım ve ardından testis ve yumurtalık kısımları içinde kalacak şekilde kestim (Evet biliyorum kötü, ben de kötü hissettim)


Anestezi verilen balık

Kesme işlemi için aletler
                                                                       
Daha sonrasında, önceden hazırladığım ve dokuyu "fix" etmek yani dokunun çürümesini bozulmasını engellemek için kullanılan bir karışıma koydum balıklardan kestiğim kısımları (Hani şu filmlerde kavanozların içine ilginç hayvanlar koyarlar ya bir sıvının içinde, onun gibi). Bir sonraki adım da kesilen kısmı mum içine koyup dokudan kesitler alıp organı kesitler halinde incelemek olacak. 

Bunun dışında DNA'nın bizim ilgilendiğimiz bölümünü çoğaltıp balık homozigot mudur, heterozigot mudur yoksa normal midir ona bakıyorum... Bu terimler için lütfen Google:) Buna da "genotyping" deniyor. Labda en en en çok kullanılan metot bu bence. Her labda yaptım yani bunu. Diğer bir deyişle polimer zincir reaksiyonu Google'lamak isterseniz (Türkçe yazarken bayağı zorlandım çünkü ben bunların Türkçesini hiç öğrenmedim... Sorry:/  )

Burada tabi kendi balıklarımın bakımından da sorumluyum. Balıkları çiftleştirme( yani sadece aynı akvaryuma koymak, çok kötüsün), yumurtalarını toplama, gerekirse akvaryumu temizleme (bununla teknisyenler ilgileniyor genelde) vb seyler...

Geçen aylarda başka bir balık labında sadece tek bir hücre olan yeni döllenmiş yumurtaya iğneyle enjeksiyon yapıp istediğimiz RNA'ları transfer etmiştim ve canlıdaki değişiklikleri gözlemlemiştik. Bu baya "cool"du benim için hatta olumlu sonuçlar almıştık.

Birazcık kendi günlük yaptığımdan bahsederek kafanızda bir şeyler şekillendirmek istedim. Eğer bunlar ilginizi çekmiyorsa ya bu bölüm size göre değil ya da bu çalışma alanı. Seçiminizde kolay gelsin:)

Görüşmek üzere!!!

Hiç yorum yok:

Yorum Gönder