Bunu o kadar çok soruyorlar ki artık bu konuya ayrı bir başlık açmak istedim. Kendime ait bazı sebepleri aşağıda sıralayacağım:
Ben insanlarla uğraşmayı sevmiyorum: Evet, kesinlikle sevmiyorum ki Türkiye'deki insan profilini düşünürsek insanların yarısından fazlasının neden doktora gittiğini biliyoruz. İlaç yazdırmaya... Türk insanı doktorculuk oynamayı çok sever, o yüzden alternatif tıp bu kadar gelişmiş zaten, hepimiz şamanız mübarek. O yüzden genelde hasta deneme yanılma yoluyla kendisine hangi ilacın iyi geldiğini, ne zaman ilaç ne zaman serum verilmesi gerektiğini çok iyi bilir. Hiçbir doktor da bundan hoşlanmaz. (Hoşlananlar da olabiliyormuş gerçi ben şahit oldum geçen yıl).
Velhasıl kelam, demişler ki cahile laf anlatmak deveye hendek atlatmaktan zordur. E ben de karşımdakine aynı şeyi elli kere anlatmayı da sevmem, hele bir de konuşacağım konu hakkında alt yapısını bilmiyorsam ne anlatabilirim hastaya? Sonra da kalkıp "O kadar doktora gidiyorum ilaç yazıp yolluyorlar yahu" derler tabi. Çünkü öyle. Bir de hastayla hastayken muhattap olursun, sağlıklıyken görmezsin, so sad...
Nöbet reality: Benim için uyku çok önemli ki herkes için öyledir. Gece uykumu alamazsam kilo veriyorum ve depresyona giriyorum. Hayatımdan nefret ediyorum etc.. 24 saat nöbet tutamam zannediyorum. Vallahi düşününce doktorları çok takdir ettim şu an..
Emeğin karşılığını alamamak: Türkiye'ye spesifik konuşacağım bu konuda. Doktorun verdiği emek yanında aldığı para... Gerçekten ayıp. Milletvekilleri o paranın iki katını mecliste uyuyarak alıyor. Evet güzel para kazanıyorlar ama hak ettiklerinden çok çok az alıyorlar. Neden kendimi öldürteyim ayrıca manyak hasta yakınlarına? Ya da neden dayak yiyeyim elin malından? Labdaki balıklar ya da sinekler beni hiç öldürmeye kalkmadı... Maddi konuya gelirsek Amerika'da ve Avrupa'da sanırım maaşlar çok daha iyi.
No Araştırma-Geliştirme: Benim için en önemli sebep zaten bu. Yine Türkiye'ye özel söyleyeceğim, kimse ileride "ooo büyük araştırmalar yapacağım, bilim adamı olacağım" diye kalkıp da tıp okumaz çünkü böyle bir şey yok. Azınlıkta olanlar vardır, mesela tıp fakültelerinin genetik anabilim dalları, ama yok yani o doktorların amacı hiçbir zaman bilim yapmak değildir ki zaten altyapı da yoktur. Bu konu da bana hitap eden bir şey değil.
Tıp okuyup yurt dışına çıkamamak: Şimdi diplomanın akreditesi denilen bir olay vardır, eğitimini Türkiye'de aldın ama Amerika'da ya da Avrupa'da yaşamak istiyorsun, ne yapacaksın? Akredite alman lazım. Zaten 6 yıl okumuşsun Türkiye'de bir de yurt dışında yaşayacağım diye bu muhabbetlere girersen kaç yılın daha gider bilmiyorum. Ayrıca ne kadar mümkün onu da bilmiyorum. Daha doğrusu mümkün olduğunu biliyorum ama çok zor. Bir defa o ülkenin dilini öğreneceksin... Ama Türkiye'deki moleküler biyoloji ve genetik bölümünden mezun olursan zaten ya mühendislik fakültesinden ya da fen-edebiyat fakültesinden mezun olacaksan ve B.Sc. diploman olacak. Bu da demek ki her yerde geçerli. Bknz: ben, şu an Türkiye'de değilim bir çok arkadaşım gibi. Ama eğer yurt dışı hayaliniz yoksa zaten bu madde sizi bağlamaz.
Kan, açık yara ve iğne görmeye dayanamamak: Evet, itiraf ediyorum korkuyorum iğneden:) Yok aslında korkmuyorum da çok da şey yapmamak lazım... Evet aslında yanımdaki bir insan düşse yaralansa açık yarasına bakamam, içim bir hoş olur, vücuduma ne zaman iğne girse tansiyonum düşer falan fişmekan... Yatırırlar beni. Ayrıca çok duygusalım, acilde çocuk görsem ağlarım herhalde. He zamanla o insani duyguların gidiyor, alışıyorsun, kasap gibi bir şey oluyorsun sorun olmaz diyenler de var ama ben duyarsızlaşmak ve duygusallığımı, insaniyetimi kaybetmek istemiyorum ki...
10 yıl sonra kendini nerede görüyorsun? diyenlere: Kendimi hastanede ilaç yazarken, nöbet tutarken, ya da ameliyat yapıp dikiş dikerken göremiyorum. Ama şöyle laboratuvarda kalp, böbrek, dalak falan yapsam kendi kendime hiç fena olmazdı...
Bir spesifik neden: Benim tercih yaptığım dönem İngilizce tıp çok azdı ve ben kesinlikle emindim İngilizce okumak istediğime. Neden? Biyoloji değil de mühendislik ve işletme bölümünde okuyanlar daha iyi bilir, artık iş yerlerine başvururken İngilizce bilmek zorundasın, bilmiyorsan ya çok düşük maaşa çalışırsın (kime göre düşük? bana göre)ya da işsiz kalırsın. Benim durumumda İngilizce yurt dışına çıkmam için gerekliydi. Ama ya Türkiye'de kalmak zorunda kalırsam sorunsalı da vardı. Her zaman planladığınız gibi gitmeyebilir işler. Ben de İngilizceyi öğrenmek için en iyi yolun Boğaziçi'nden geçtiğini biliyordum çünkü yaşayarak öğrenmek lazım dili. O yüzden zaten buradan da elemiştim tıbbı (yani başlıca bir sebep değil ama yan sebepti).
Peki neden tıpla genetik arasında kaldım: Çünkü tıp bitirip uzmanlığınızı genetik alanında yaparak da bilim insanı olabilirsiniz. Bknz: Dr. Yamanakasan Nobel ödülü alan bir doktor ama doktorluğu bırakıp biyolojiden devam etmiştir. İşte bu yüzden... Sonra benim için önemli tüm faktörleri düşününce (kampüsün çimleri de dahil) bu konuda karar kıldım. Ayrıca 6 yıl okuyacağım, sonra 4 yıl uzmanlık yapmam lazım. 10 yıl. Ki gerçekten genetik/moleküler biyoloji öğreneceğim zaman dilimi son 4 yıl olacak. İlk 6 yılki deli dolu emeklerime ne olacak?
Dipnot: Doktorlara saygım sonsuz. Onlar benim gözümde imkansızı yaşıyorlar. Emek veriyorlar insanlık ve sağlık için. Hatta bir doktorla tanışsam" oo çok cool, zekisin dostum.. " da oluyorum ama bana göre değil. Sormayın artık bu soruyu:D İçinizden ne geliyorsa onu yapın:)
27 Ekim 2016 Perşembe
21 Ekim 2016 Cuma
Hata Yapmaktan Çekinmeyin! - Labda Yaptığım Hatalar/Sakarlıklar
Başka bir labda staja gittiğimde hele hele de ekstra bir efor sarfedip yurtdışına çıkmışsam, en çok korktuğum şey labda hata yapmak. Çünkü çok çok büyük bir ihtimalle kendi projemi yapmıyor, başka birinin projesine yardım ediyor oluyorum stajlarda. Kendi çalışmam ya da projem olsa yaptığım hatalara yanmam ama başkasının işi olunca kendimi çok kötü hissediyorum. Ama insanlar tabi ki hata yaparak öğreniyor.Şimdi aklıma gelen birkaç anımdan bahsedicem:)
Boğaziçi, birinci yılım:
Üniversiteye başlarken çok çok hevesliydim, hemen birinci sınıfta bir hocamızın labına stajyer olarak başladım. Süpervizörüm dünyalar tatlısı bir insandı:) Sağolsun yaptığım hatalara katlandı hep güler yüzlüydü ki bu çok önemliydi benim başlangıcım için... Velhasıl kelam bir gün bir insanın bir memelinin "gerçek bir insanın" DNA örneğini kaybettim:) Hem de ne! DNA örneğini kullandıktan sonra buzdolabına geri koyacaktım ve tüpler yerinden zıpladı rafa koyduğum anda. Etrafa saçıldılar ve bazılarını buldum/bulduk. Bir tanesini bulamadık ve süpervizörüm de yanımdaydı. Hiçbir şey demedi hiç surat asmadı ama ben çok korkmuştum ve çok utanmıştım:) Sonradan bana daha fazla acı çektirmemek için sanıyorum, " o DNA ile işimiz bitti zaten" dedi süpervizörüm! :D O an kendime anca gelmiştim.
Japonya'daki stajımın ilk haftası:
PCR yapmam gerekiyordu (DNA nın istediğiniz bir bölgesini çoğaltmanızı sağlayan bir yöntem ve labda her gün yapılan bir şey). Bilenler için anlatıyorum önce, sonra basite indirgeyeceğim. Buffer olarak KAPATaq 5X Buffer yerine (ismi önemli değil) gidip restriction buffer olan CutSmart buffer kullandım :D Kullanmışım daha doğrusu... Sadece üç nokta... Who the hell does that?? Galiba başka bir şey düşünüyordum o sırada:)
Daha basit anlatmak gerekirse, hiç kullanmamam gereken bir solüsyonu kullandım deneyimde ve tabi ki çalışmadı.
Oturduk süpervizörümle tartıştık ne olabilir diye. Tüplerin tepesine koyduğum kapağa kadar düşündük:) Kullandığım DNA nın yoğunluğunun düşük olabileceğini düşündüm ve arttırmaya karar verdim. Dondurucudan malzemeleri alacaktım ki bir baktım, başka bir buffer var:) Aptal ben...
Bu konuyu çok baside indirgeyemeyeceğim ama lütfen Google'layın: Yine bir gün PCR yaparken, primerleri 1/10 dilute etmeyi unuttum ama süpervizörüme söylemedim sonuçlar çıkana kadar hehehhe... Çünkü deneyin yarısında farkettim. Neyse ki her şey çalıştı, sorun olmadı.
Bir gün DNA çıkarmak için balıkların kuyruğunu keserken (tabi ki önce anestezide bekletiyorum), balığın teki masadan bir fırladı, ben bir çığlık attım!:D Neyse teknisyen geldi, Japonca bir şeyler söyledi güldü gitti:) Neyse ben balığı buldum, hala yaşıyordu...
Yine bir gün PCR yapıyorum (Ben neden hep PCR yapıyorum?), DNA yı kullanacağım ki 3. uygulayışımdı aynı metodu, aynı DNA için. 32 tane balıktan özenle çıkardığım DNAyı masada elimin tersiyle iterekten yere döktüm ve şok oldum! Kaldım öyle. Eldivenim olmasa kendimi çimdiklerdim herhalde... Soğukkanlı olmaya çalıştım çünkü uzun bir işlemdi benim için onu yapmak. Hemen çok kısa bir santrifüj yaptım ki içinde bir şey kaldıysa dibe çöksün. Çok şanslıyım ki sadece 1 mikrolitre kalmıştı dibinde ve hemen aldım kullandım. Ve sonuç... Çalıştı:)
He bir keresinde de bir sürü balık kuyruğu kestim DNA çıkarıcam diye, kalktım %100 yerine %70 alkol koydum:) Çöp! Değil tabi ki bir kısmını ayırmıştım bir önceki adımda, onu kullandım ama waste of time...
En çok yaptığım hatalardan biri "labeling mistake"... Yani etiketleme hatası. Her zaman için önce tüplere ne koyulacaksa ismini yazıp sonra koymak gerek. Ama bazen aceleden yazmıyorum:) Sonra karışıyor. Veee çöp! Evet bu sefer çöp...
Yaaa işte... Oluyor böyle şeyler, ki daha neler neler yaptım da bunlar geldi şimdilik aklıma. Ama çok şanslıydım çünkü süpervizörüm hep ama hep güler yüzlü, siz de hep öyle olun:) Yanlışlarımdan öğrendiğim şeyler oldu. Siz de yanlış/hata yapmaktan korkmayın hata yapanları da lütfen korkutmayın. Önümde süpervizörü tarafından azarlanan arkadaşım da olmuştu sırf küçük hataları yüzünden ve ben bile çok kötü hissetmiştim... Onu daha iyi hissettirmek için elimden geleni de yapmıştım ama o azarın o kişinin bilinçaltında yarattığı yıkım çok kötü. Lütfen ama lütfen, yapmayın:) Yapıcı olun, yıkıcı değil...
Bugünlük bu kadar! Sayonara!! Goodbye ma lover! Goodbye ma friends! Adios amigos!
Boğaziçi, birinci yılım:
Üniversiteye başlarken çok çok hevesliydim, hemen birinci sınıfta bir hocamızın labına stajyer olarak başladım. Süpervizörüm dünyalar tatlısı bir insandı:) Sağolsun yaptığım hatalara katlandı hep güler yüzlüydü ki bu çok önemliydi benim başlangıcım için... Velhasıl kelam bir gün bir insanın bir memelinin "gerçek bir insanın" DNA örneğini kaybettim:) Hem de ne! DNA örneğini kullandıktan sonra buzdolabına geri koyacaktım ve tüpler yerinden zıpladı rafa koyduğum anda. Etrafa saçıldılar ve bazılarını buldum/bulduk. Bir tanesini bulamadık ve süpervizörüm de yanımdaydı. Hiçbir şey demedi hiç surat asmadı ama ben çok korkmuştum ve çok utanmıştım:) Sonradan bana daha fazla acı çektirmemek için sanıyorum, " o DNA ile işimiz bitti zaten" dedi süpervizörüm! :D O an kendime anca gelmiştim.
Japonya'daki stajımın ilk haftası:
PCR yapmam gerekiyordu (DNA nın istediğiniz bir bölgesini çoğaltmanızı sağlayan bir yöntem ve labda her gün yapılan bir şey). Bilenler için anlatıyorum önce, sonra basite indirgeyeceğim. Buffer olarak KAPATaq 5X Buffer yerine (ismi önemli değil) gidip restriction buffer olan CutSmart buffer kullandım :D Kullanmışım daha doğrusu... Sadece üç nokta... Who the hell does that?? Galiba başka bir şey düşünüyordum o sırada:)
Daha basit anlatmak gerekirse, hiç kullanmamam gereken bir solüsyonu kullandım deneyimde ve tabi ki çalışmadı.
Oturduk süpervizörümle tartıştık ne olabilir diye. Tüplerin tepesine koyduğum kapağa kadar düşündük:) Kullandığım DNA nın yoğunluğunun düşük olabileceğini düşündüm ve arttırmaya karar verdim. Dondurucudan malzemeleri alacaktım ki bir baktım, başka bir buffer var:) Aptal ben...
Bu konuyu çok baside indirgeyemeyeceğim ama lütfen Google'layın: Yine bir gün PCR yaparken, primerleri 1/10 dilute etmeyi unuttum ama süpervizörüme söylemedim sonuçlar çıkana kadar hehehhe... Çünkü deneyin yarısında farkettim. Neyse ki her şey çalıştı, sorun olmadı.
Bir gün DNA çıkarmak için balıkların kuyruğunu keserken (tabi ki önce anestezide bekletiyorum), balığın teki masadan bir fırladı, ben bir çığlık attım!:D Neyse teknisyen geldi, Japonca bir şeyler söyledi güldü gitti:) Neyse ben balığı buldum, hala yaşıyordu...
Yine bir gün PCR yapıyorum (Ben neden hep PCR yapıyorum?), DNA yı kullanacağım ki 3. uygulayışımdı aynı metodu, aynı DNA için. 32 tane balıktan özenle çıkardığım DNAyı masada elimin tersiyle iterekten yere döktüm ve şok oldum! Kaldım öyle. Eldivenim olmasa kendimi çimdiklerdim herhalde... Soğukkanlı olmaya çalıştım çünkü uzun bir işlemdi benim için onu yapmak. Hemen çok kısa bir santrifüj yaptım ki içinde bir şey kaldıysa dibe çöksün. Çok şanslıyım ki sadece 1 mikrolitre kalmıştı dibinde ve hemen aldım kullandım. Ve sonuç... Çalıştı:)
He bir keresinde de bir sürü balık kuyruğu kestim DNA çıkarıcam diye, kalktım %100 yerine %70 alkol koydum:) Çöp! Değil tabi ki bir kısmını ayırmıştım bir önceki adımda, onu kullandım ama waste of time...
En çok yaptığım hatalardan biri "labeling mistake"... Yani etiketleme hatası. Her zaman için önce tüplere ne koyulacaksa ismini yazıp sonra koymak gerek. Ama bazen aceleden yazmıyorum:) Sonra karışıyor. Veee çöp! Evet bu sefer çöp...
Yaaa işte... Oluyor böyle şeyler, ki daha neler neler yaptım da bunlar geldi şimdilik aklıma. Ama çok şanslıydım çünkü süpervizörüm hep ama hep güler yüzlü, siz de hep öyle olun:) Yanlışlarımdan öğrendiğim şeyler oldu. Siz de yanlış/hata yapmaktan korkmayın hata yapanları da lütfen korkutmayın. Önümde süpervizörü tarafından azarlanan arkadaşım da olmuştu sırf küçük hataları yüzünden ve ben bile çok kötü hissetmiştim... Onu daha iyi hissettirmek için elimden geleni de yapmıştım ama o azarın o kişinin bilinçaltında yarattığı yıkım çok kötü. Lütfen ama lütfen, yapmayın:) Yapıcı olun, yıkıcı değil...
Bugünlük bu kadar! Sayonara!! Goodbye ma lover! Goodbye ma friends! Adios amigos!
20 Ekim 2016 Perşembe
Biyologlar Ne Yapar?- Laboratuvarda Bir Günüm
Bu yazımı daha çok lise öğrencilerine ya da biyolojiyle alakalı bir bölüm okumayan arkadaşlara hitaben yazıyorum. O yüzden biyolog olanlara biraz sıkıcı ya da bayağı gelebilir:) Ama bölümle yakından uzaktan alakası olmayan insanlara bu basit şeyleri anlattığımda bayağı bir etkileniyorlar:)
Biyolojide birçok farklı çalışma alanı ve birçok farklı model organizma var. Genetik hastalıklar, evrim, protein yapısı, genom, transkripsiyon, epigenetik, nöroloji vb. birçok alan var ve tabi ki benim burada adını söylemediğim alanlar da...(Türkçelerini bulmak zor gelmedi desem yalan olur). Model organizma dediğimiz şey de çalışma alanına ve konusuna uygun bitki, hayvan, bakteri, virüs ve benzeri canlılar. (Bakteri ve virüsten emin olamadım tekrar okuyunca, bakterilere organizma denilir mi ki ?)En son duyduğum ilginç bir konu kazanılmış bağışıklık konusunu zebrafish (zebra balığı) üzerinde çalışmaktı sanırım..
Bana göre çok genel anlamda yaptığımız şey hücrenin içindeki kompleks DNA, RNA ve proteinler arası ilişkileri araştırmak, hücre içinde bu yolaklar arasındaki bağlantıları kurarak hücrenin içindeki moleküllerin görevlerini anlamaya çalışmak. Bunun yanında hücreler arası iletişim, doku ve organ seviyesinde de araştırmalar tabi ki var. Fakat onlar da yine DNA, RNA ve protein seviyesindeki farklı levellerden geçiyor.. Sonuçta eğer araştırma konusu medikal seviyeye taşınabilecek bir konuysa yeni bir ilacın veya aşının, kanser vb. hastalıkların tedavisinde kullanılabilecek yeni yöntemlerin ya da genetik taşınan hastalıklara sahip bireylerde tedavinin keşfini sağlayabilir. Eğer medikal alanda bir kullanımı yoksa, ki bence her çalışmanın illa ki bir katkısı var, çalışma evrimi kanıtlamaya (ya da daha güzel söylemek gerekirse evrimsel biyoloji) yönelik oluyor daha çok. Yani ben böyle algıladım olayı daha çok..
Laboratuvarda yapılan ve çok da komplike olmayan birkaç şeyden bahsetmek istiyorum gözünüzde biraz resimler oluşturmak için. Sadece metot olarak... Örneğin kullanılan model organizmanın bir parçasından ya da tümünden DNA çıkarmak, bu DNA'nın belli bir bölgesine genetik manipülasyonda bulunmak, mesela bir kısmını kesip atmak ya da başka bir canlıdan alınan geni eklemek, DNA'nın belli bir bölgesini çoğaltarak bilgisayar ekranında gözle görülebilir hale getirip uzunluğunu belirlemek, DNA nın istenilen bir bölgesini sekanslayarak A,T,G,C dizisini belirlemek, yapılan genetik manipülasyonun DNA'dan oluşturulan protein, hücre ve organizma üzerindeki etkisini belirlemek, yeni genler bulmak vb.
Şu ana kadar farklı laboratuvarlarda staj yapma imkanım oldu. Lablarda kullanılan model organizmalar arasında, kurbağa, aiptasia (Türkçesi var mı ki? deniz mercanlarına yakın), deniz mercanları, drosophila (sinek, genetiğin kraliçesi), zebra balığı, medaka balığı, A. thaliana (bitki), tavuk ve fare var. Daha fazlası da var.. Her birinin kendine has avantajları ve dezavantajları var. Bunlara şimdi girmek istemiyorum yoksa bitmeyecek yazı:)
Bence en güzeli bugün neler yaptığımdan örnekler vererek açıklamak. Şu an Japonya'da bir labda staj yapıyorum ve çalışma alanı medaka balığında cinsiyetin nasıl belirlendiğini araştırmak. Ne alaka değil mi:) Medaka balığının birçok farklı türü var ve bunlarda cinsiyetin belirlenmesi farklı kromozom yapılarına bağlı olabiliyor, hatta bazen sadece sıcaklığa bağlı. Örneğin, memelilerde yani mesela bizde X ve Y kromozomları var cinsiyet kromozomları olarak; XX dişi, XY erkek. Ama bazı balıklarda hatta tavukta da böyle, Z ve W kromozomları var cinsiyeti belirleyen ve ZW dişi iken ZZ erkek. Ama bazı balıklarda durum XX ve XY. Bazılarında ise hatta sürüngenlerde de sıcaklığa bağlı olarak belirleniyor cinsiyet...
Burada amaç cinsiyeti belirleyen geni bulmak, henüz bilinmiyor bizim üzerinde çalıştığımız medaka balığı türü için. Biz de DNA üzerinde cinsiyeti belirleyebileceğini düşündüğümüz genleri DNA'dan çıkarıyoruz (evet, direkt hedef alabiliyoruz artık spesifik bir bölgeyi). Sonra bakıyoruz ne olmuş hayvana. Ben, mesela, bugün maalesef hayvan severleri üzen şeyler yaptım (laboratuvarda bunlara alışık olmak lazım bu alanı düşünüyorsanız) ve hayvanları deney için kurban etmek zorunda kaldım. Çünkü testis ve yumurtalıkları inceleyip normal bir balıkla kendi yarattığımız mutant balığı karşılaştırmak zorundayız.
Balıkları dişi ve erkek olarak ayırdım, sadece yüzgeçlerine bakarak bunu yapabilirsiniz.
Daha sonra anesteziye aldım ve ardından testis ve yumurtalık kısımları içinde kalacak şekilde kestim (Evet biliyorum kötü, ben de kötü hissettim)
Daha sonrasında, önceden hazırladığım ve dokuyu "fix" etmek yani dokunun çürümesini bozulmasını engellemek için kullanılan bir karışıma koydum balıklardan kestiğim kısımları (Hani şu filmlerde kavanozların içine ilginç hayvanlar koyarlar ya bir sıvının içinde, onun gibi). Bir sonraki adım da kesilen kısmı mum içine koyup dokudan kesitler alıp organı kesitler halinde incelemek olacak.
Bunun dışında DNA'nın bizim ilgilendiğimiz bölümünü çoğaltıp balık homozigot mudur, heterozigot mudur yoksa normal midir ona bakıyorum... Bu terimler için lütfen Google:) Buna da "genotyping" deniyor. Labda en en en çok kullanılan metot bu bence. Her labda yaptım yani bunu. Diğer bir deyişle polimer zincir reaksiyonu Google'lamak isterseniz (Türkçe yazarken bayağı zorlandım çünkü ben bunların Türkçesini hiç öğrenmedim... Sorry:/ )
Burada tabi kendi balıklarımın bakımından da sorumluyum. Balıkları çiftleştirme( yani sadece aynı akvaryuma koymak, çok kötüsün), yumurtalarını toplama, gerekirse akvaryumu temizleme (bununla teknisyenler ilgileniyor genelde) vb seyler...
Geçen aylarda başka bir balık labında sadece tek bir hücre olan yeni döllenmiş yumurtaya iğneyle enjeksiyon yapıp istediğimiz RNA'ları transfer etmiştim ve canlıdaki değişiklikleri gözlemlemiştik. Bu baya "cool"du benim için hatta olumlu sonuçlar almıştık.
Birazcık kendi günlük yaptığımdan bahsederek kafanızda bir şeyler şekillendirmek istedim. Eğer bunlar ilginizi çekmiyorsa ya bu bölüm size göre değil ya da bu çalışma alanı. Seçiminizde kolay gelsin:)
Görüşmek üzere!!!
Biyolojide birçok farklı çalışma alanı ve birçok farklı model organizma var. Genetik hastalıklar, evrim, protein yapısı, genom, transkripsiyon, epigenetik, nöroloji vb. birçok alan var ve tabi ki benim burada adını söylemediğim alanlar da...(Türkçelerini bulmak zor gelmedi desem yalan olur). Model organizma dediğimiz şey de çalışma alanına ve konusuna uygun bitki, hayvan, bakteri, virüs ve benzeri canlılar. (Bakteri ve virüsten emin olamadım tekrar okuyunca, bakterilere organizma denilir mi ki ?)En son duyduğum ilginç bir konu kazanılmış bağışıklık konusunu zebrafish (zebra balığı) üzerinde çalışmaktı sanırım..
Bana göre çok genel anlamda yaptığımız şey hücrenin içindeki kompleks DNA, RNA ve proteinler arası ilişkileri araştırmak, hücre içinde bu yolaklar arasındaki bağlantıları kurarak hücrenin içindeki moleküllerin görevlerini anlamaya çalışmak. Bunun yanında hücreler arası iletişim, doku ve organ seviyesinde de araştırmalar tabi ki var. Fakat onlar da yine DNA, RNA ve protein seviyesindeki farklı levellerden geçiyor.. Sonuçta eğer araştırma konusu medikal seviyeye taşınabilecek bir konuysa yeni bir ilacın veya aşının, kanser vb. hastalıkların tedavisinde kullanılabilecek yeni yöntemlerin ya da genetik taşınan hastalıklara sahip bireylerde tedavinin keşfini sağlayabilir. Eğer medikal alanda bir kullanımı yoksa, ki bence her çalışmanın illa ki bir katkısı var, çalışma evrimi kanıtlamaya (ya da daha güzel söylemek gerekirse evrimsel biyoloji) yönelik oluyor daha çok. Yani ben böyle algıladım olayı daha çok..
Laboratuvarda yapılan ve çok da komplike olmayan birkaç şeyden bahsetmek istiyorum gözünüzde biraz resimler oluşturmak için. Sadece metot olarak... Örneğin kullanılan model organizmanın bir parçasından ya da tümünden DNA çıkarmak, bu DNA'nın belli bir bölgesine genetik manipülasyonda bulunmak, mesela bir kısmını kesip atmak ya da başka bir canlıdan alınan geni eklemek, DNA'nın belli bir bölgesini çoğaltarak bilgisayar ekranında gözle görülebilir hale getirip uzunluğunu belirlemek, DNA nın istenilen bir bölgesini sekanslayarak A,T,G,C dizisini belirlemek, yapılan genetik manipülasyonun DNA'dan oluşturulan protein, hücre ve organizma üzerindeki etkisini belirlemek, yeni genler bulmak vb.
Şu ana kadar farklı laboratuvarlarda staj yapma imkanım oldu. Lablarda kullanılan model organizmalar arasında, kurbağa, aiptasia (Türkçesi var mı ki? deniz mercanlarına yakın), deniz mercanları, drosophila (sinek, genetiğin kraliçesi), zebra balığı, medaka balığı, A. thaliana (bitki), tavuk ve fare var. Daha fazlası da var.. Her birinin kendine has avantajları ve dezavantajları var. Bunlara şimdi girmek istemiyorum yoksa bitmeyecek yazı:)
Bence en güzeli bugün neler yaptığımdan örnekler vererek açıklamak. Şu an Japonya'da bir labda staj yapıyorum ve çalışma alanı medaka balığında cinsiyetin nasıl belirlendiğini araştırmak. Ne alaka değil mi:) Medaka balığının birçok farklı türü var ve bunlarda cinsiyetin belirlenmesi farklı kromozom yapılarına bağlı olabiliyor, hatta bazen sadece sıcaklığa bağlı. Örneğin, memelilerde yani mesela bizde X ve Y kromozomları var cinsiyet kromozomları olarak; XX dişi, XY erkek. Ama bazı balıklarda hatta tavukta da böyle, Z ve W kromozomları var cinsiyeti belirleyen ve ZW dişi iken ZZ erkek. Ama bazı balıklarda durum XX ve XY. Bazılarında ise hatta sürüngenlerde de sıcaklığa bağlı olarak belirleniyor cinsiyet...
Burada amaç cinsiyeti belirleyen geni bulmak, henüz bilinmiyor bizim üzerinde çalıştığımız medaka balığı türü için. Biz de DNA üzerinde cinsiyeti belirleyebileceğini düşündüğümüz genleri DNA'dan çıkarıyoruz (evet, direkt hedef alabiliyoruz artık spesifik bir bölgeyi). Sonra bakıyoruz ne olmuş hayvana. Ben, mesela, bugün maalesef hayvan severleri üzen şeyler yaptım (laboratuvarda bunlara alışık olmak lazım bu alanı düşünüyorsanız) ve hayvanları deney için kurban etmek zorunda kaldım. Çünkü testis ve yumurtalıkları inceleyip normal bir balıkla kendi yarattığımız mutant balığı karşılaştırmak zorundayız.
Balıkları dişi ve erkek olarak ayırdım, sadece yüzgeçlerine bakarak bunu yapabilirsiniz.
 |
| Dişi ve erkek medaka balığı |
 |
| Anestezi verilen balık |
 |
| Kesme işlemi için aletler |
Daha sonrasında, önceden hazırladığım ve dokuyu "fix" etmek yani dokunun çürümesini bozulmasını engellemek için kullanılan bir karışıma koydum balıklardan kestiğim kısımları (Hani şu filmlerde kavanozların içine ilginç hayvanlar koyarlar ya bir sıvının içinde, onun gibi). Bir sonraki adım da kesilen kısmı mum içine koyup dokudan kesitler alıp organı kesitler halinde incelemek olacak.
Bunun dışında DNA'nın bizim ilgilendiğimiz bölümünü çoğaltıp balık homozigot mudur, heterozigot mudur yoksa normal midir ona bakıyorum... Bu terimler için lütfen Google:) Buna da "genotyping" deniyor. Labda en en en çok kullanılan metot bu bence. Her labda yaptım yani bunu. Diğer bir deyişle polimer zincir reaksiyonu Google'lamak isterseniz (Türkçe yazarken bayağı zorlandım çünkü ben bunların Türkçesini hiç öğrenmedim... Sorry:/ )
Burada tabi kendi balıklarımın bakımından da sorumluyum. Balıkları çiftleştirme( yani sadece aynı akvaryuma koymak, çok kötüsün), yumurtalarını toplama, gerekirse akvaryumu temizleme (bununla teknisyenler ilgileniyor genelde) vb seyler...
Geçen aylarda başka bir balık labında sadece tek bir hücre olan yeni döllenmiş yumurtaya iğneyle enjeksiyon yapıp istediğimiz RNA'ları transfer etmiştim ve canlıdaki değişiklikleri gözlemlemiştik. Bu baya "cool"du benim için hatta olumlu sonuçlar almıştık.
Birazcık kendi günlük yaptığımdan bahsederek kafanızda bir şeyler şekillendirmek istedim. Eğer bunlar ilginizi çekmiyorsa ya bu bölüm size göre değil ya da bu çalışma alanı. Seçiminizde kolay gelsin:)
Görüşmek üzere!!!
Kaydol:
Kayıtlar (Atom)