Labin Yazili Olmayan Kurallari (Yeni Baslayanlar Icin)

(Maalesef klavyem Ingilizce)

Nerden aklima geldi bunu yazmak? Muhterem bir arkadasimizin tupunde kabarciklar olusmustu, ne yacagini bilemez haldeydi. Aldim elinden, agzi kapali bir sekilde 4-5 kez masaya sertce vurdum* ve hooop! Tum baloncuklar gitmisti. Iste o an arkadasimiz aydinlandi, nirvanaya ulasti. Ben de anladim ki aslinda her gun yaptigimiz ve el aliskanligi haline gelen bu deneyimleri paylasmak lazim. 

Lab kitaplarinda belki karsilasabileceginiz ama genelde sozlu olarak anlatilan ya da uygulamali olarak gosterilen bir takim kurallari vardir labin. Mesela laba sag ayakla girmek, girerken uc elham bir kulhuvallah okumak ya da icerdekine selamun aleykum demek degil tabi ki. Bu kisim labin sunnetlerine giriyor. Biz biraz farzlarindan bahsedicez simdi.

Bu kisim bayagi sikici biliyorum ama en buyuk farzimiz bu. Simdi pipetin farzlari 2dir.. Iki kademesi vardir yani genelde pipetlerin. Bunu en iyi pipete tepesinden basarak anlariz.. Ilk kademeye kadar bastiginizda, onceden ayarlamis oldugunuz hacim kadar siviyi cekebilirsiniz icine. Ikinci kademeye kadar basarsaniz da (ki bu bir siviyi alirken degil verirken yapilir) icerideki tum siviyi disari atmis olursunuz. Tipinizin ucunda bir sey kalmamis olur. Simdi o zaman ozetle; pipete tipi taktik (dogru tipi takmak cok onemli ona sonra gelcem**) sonra birinci kademeye kadar bastik, basili tutuyoruz ve tipi, almak istedigimiz siviya daldiriyoruz (kesinlikle icine daldirdigimiz tupe degdirmeden). Siviyi almak icin basili tuttugumuz parmagimizi serbest birakiyoruz (Viscous liquids icin asagi bakiniz***) Aldik evet, bizde. Sonra baska bir yere aktarmak icin bu sefer birinci kademeye ama yetmezse ikinci kademeye kadar basiyoruz. Benim stilim her zaman ikinci kademeye kadar basmak. Allah utandirmasin kardesler ;)

En ama en kritik nokta su. Siviyi bir yerden baska bir yere aktariyorsunuz ve diyelim ki bu aktardiginiz yer baska bir sivi iceriyor. Bu durumda tipiniz bu ikinci sivinin icinden cikana kadar kesinlikle ikinici kademeye kadar basili tutuyorsunuz, birakmiyorsunuz basmayi. Anlamayanlar artik ogretmenlerine danissin lutfen. Eger bunu yapmazsaniz tipinizin icine tekrardan sivi cekersiniz ve ortalik karisir. Yapmayin sunu! Aaaaa!

Simdi tabi musluman kardeslerimiz soracak " Ama hocam 3 farzli pipetler gorduk?". Evet dogrudur, bazi pipetlerin 3 kademesi vardir. Ilk ikisi aynidir, ucuncusu ise tipi tamamen sokup atmaya yarar ki bunlar da mekruhlara girer oraya hic girmeyecegim.

Ikinci bir farzimiz ise tupleri (siklikla kullanilanlar 0.5, 1.5 ve 2.0 ml lik tupler olup kavanozda saklanirlar) kavanozdan cikarken elimizi katiyen ve asla kavanozun icine daldirmamaktir. Milli piyongo mu cekiyorz evladim! Bu ne terbiyesizlik ya! :) Simdi masani ethanol ilen bir guzel sil, sonra ac kavanozu, kavanozun kapagina dogru siseyi sallamak suretiyle dok tupleri ya da masaya da dokebilirsin. Sonra tuplerin kapaklarinin kenarlarindan tut ve kapa (ice dokunmak acayip buyuk gunahtir, hele de eldivensizsen oooo arkandan yasin indirseler de yanarsin...).  Sonra, kavanozun agzini kapa hatta bunu once de yapabilirsin. Sonra tuplere isim ver. Sevval olsun, haci ekrem olsun, isim ver karismasin musluman kardesim. Tupu actiktan sonra da ic kismina dokunmayasin. Kapagi tupe baglayan bir boynu vardir. Kapagi actiktan sonra icine dokunmadan, kapagin ucundaki cikintidan bastirarak eg kapagi disari dogru ki eline ya da pipete carpmasin kapak. Heh soyle! Artik bu kadar ayrintili tasvirlerden sonra... bilemiyorum.

Sonraki farz (bakin onluk giymek ya da eldiven giymek demedim bile) ise vortex-spin down ikilisi. Kimseler bilmez bu vortexlemek kac saniyedir ya da spin down kac saniyedir. Ama ilerleyen zamanlarda bunu hissedeceksin. Sadece tupun icinde neler olup bittigini hayal etmek lazim. Bu arkadaslar homojen karisirlar mi yoksa bu DNAlar kafalarina gore saf mi tutarlar, kim kime dum duma. Evet vortexin amaci her seyi karistirmak ve homojen hale getirmek iken, spin down un amaci ise tupun kenarlarinda ve kapakta kalan sivilari asagiya indirmektir. 

Buraya kadar gelmisken su konuya da parmak basayim, DNA ve RNA (ya da oligolariniz) oda sicakligina dayanikli ve vortexlemeye direnclidir. Bayagi rigid yani. Fakat olayin suyunu da cikarmamak lazim. Ama proteinler icin ayni seyi soyleyemem. Bildiniz uzre 1.,2.,3. ve 4. dereceden yapilari vardir proteinlerin. Bunlari kirmamaya dokmemeye ozen gostermek lazim. Uzun donem saklamak icin -20 ya da -80 derece daha iyidir hem DNA-RNA hem de proteinler icin. Peki bu DNA-RNA bu kadar dayanikli kardeslerimiz ise neden dolapta saklariz. Tabi ki de icine bakteri ve mantar kardeslerimiz sizmasin cogalmasin diye. Mesela 95 dereceye dayanikli polimerazlarimizi da -20 de saklariz cunku bakteriler yemesin onlari! :)

Evet "dengelemek" olayi da baska farzimiz tabi ki asla sunnet olamaz. Su santrifuje su tupleri koyarken dengeleyin olum bi gun icimizde patlicak! Korkuyorum zaten manyetik alan falan da uretiyor diye bazi giybetler dolasiyor ama giybet etmek gunahtir. Neyse, yani fizik derslerinden ogrenecegimiz ve kullanmamiz gereken iki bilgi var. Birincisi zaten; arti artiyi iter, eksi eksiyi iter ve arti eksiyi ceker (vice versa). Ikincisi de yuk carpi yuk kolu esittir kuvvet carpi kuvvet kolu. Burada da donme noktasini anlamak ve ona gore hesap yapmak onemli bir vazifedir. Baska da ogrenmemiz gereken bir sey yoktur kardeslerim. Santrifuju dengelemek icin moment ogrenin bu kadar. 

*Yukarida yazanin aksine sadece spin-down ile de goturebilirisiniz bubble bubblelari..

**Ayrica tip pipet uyumu marakaya gore degisebilir ama lablarda siklikla kullnailan su sari pipetler var. Onlari 200ul ye kadar olan pipetlere ve tabi ki 100 ul lik varsa ona,  10 ul lik ve 2.5 ul lik pipetlere de beyaz kucuk (kaclik oldugunu hala bilmedigim) tiplere takariz. Bir de su filtreli tiplerde de filtre pipetin ucuna dokunmamali zannimca. 

***Simdiiiiii, bu viscous liquids konusu basa beladir kardeslerim. Bunun vesvesesine gelmemek lazim, sabirli olmak lazim. Viscous demek akmaya direnci fazla demek yani bal gibi. Bunlar her yere yapisirlar, tipin icinden akmak bilmezler ve musluman kardeslerimizin sabrini denerler. Ben de nefret ederim bunlardan. Hatta baya baya evlat olsa sevilmezler. Napcaz? Sabirli olcaz, yavas yavas pipetle cekip, yavas yavas vericez pipetle. Bu kadar. Na-akiskan sivilarin gazina gelmemek lazim!

Yeni seyler aklima geldikce bu sayfayi yenileyecegim. Simdilik saglicakla kalin ey mubarekler!

Her Labda Bulabileceginiz Tipler

Su ana kadar Turkiye, Almanya ve Japonya'da lablar gordum. Tabi ki her labi bilmem mumkun degil ama bircogunda bulunan tipleri burada analiz edebilecegimi dusunuyorum. Yani Japonya'da bile bu tiplerden gorunce tamam bu olay demek ki her yerde boyle demedim degil kendi kendime... Bazilarini gercekten uzun uzun anlatasim var ama kisa kesecegim. Lab terimleri icerebilir, korkmaya luzum yok.

1- Her aletin maliyetini bilen cimri teknisyen/postdoc: Ya bu grup benim boyle en en en gicik oldugum grup diyebilirim. Bayagi gicik oluyorum ama yuzde yuz eminim bu benim gelecekteki versiyonum. Bu grup genelde doktora sonrasi ya da teknisyen oluyor yani labin agir abileri bunlar. Kac tane/ne kadar tip, tup, cam pipet, enzim, akol vb seyleri harcayabileceginizi size anlatirlar. Sununla bunu kiyaslarken onlarin en onem verdigi sey parasi yani maliyetidir. Sanirsiniz ki para ceplerinden cikiyor (hatta bazen bunu cidden dusunuyorum, maybe...). Bu tiplere o kadar gicik oluyorum ki inatlarina lateks yerine nitril eldiven kullanmak ( farklari icin bakiniz https://shenweiusa.wordpress.com/2009/08/14/difference-between-latex-nitrile-and-vinyl-glove-materials/), enzimleri bol bol tuketmek, suyu bile vortexlemek, bol bol tip ve tup kullanmak ve bu insanlarin ekonomisini batirmak istiyorum. 

2- Surekli ne yapip ne yapmamaniz gerektigini soyleyen teknisyen/doktora ogrencisi: Bu grup birinci grupla giciklik konusunda yarisir benim icin. Bunlar genelde teknisyen ise cok bozmuyor beni cunku bu uyari onlarin bir nevi gorevi ama doktora ise mezun olamasin/ makaleleri reddedilsin diye dua edebilirim. En cok yaptiklari sey birinci grup gibi maliyet hesabi yapmanin yaninda eldivenlerle hicbir yere dokunmamaniz ya da koridorda yurumemeniz, bir solusyon bosalirsa yerine tekrar doldurup koymaniz, buzdolabinin kapisinin kapandigindan emin olmaniz, enzimleri dolaptan cikardiktan sonra isik hiziyla yerine koymaniz ve buzdan cikarmamaniz konusunda.. vb her boktan konuda sizi uyarmaktir. Evet ben de biliyorum o eldivenle oraya dokunulmaz ama dokuncam iste bananeymis! Bir de bu insanlar polimeraz denilen enzimlerin kullanimi konusunda o kadar obsesiftir ki bazen cinsel hayatta problemleri oldugunu dusunuyorum. Ahahahahha:D  not funny :|  #noshame

3- Labin favori ogrencisi: Caliskan, zeki, surekli makale cikaran, deneyleri calisan, hocanin gozdesi eleman. Bunlarla arkadas olmamaya ozen gostermeliyiz..

4- Kisa sureli staj ogrencisi: Bu garibim laba kisa sureligine gelir. Baska staj ogrencisi yoksa genelde yalniz takilir cunku diger insanlarin yasi kendisinden kat be kat buyuktur. Tam laba alistim insanlarla kaynastim derken de staji bitiverir. Bunlarla arkadas olmaliyiz kesinlikle, onlara yazik. Evet, o benim.

5- Labda olmayan doktora/ postdoc: Surekli ama surekli muhabbeti gecen ama labda olmayan, hic gormediginiz hayalet budur. Bu kisi ya hamilelik iznine cikmistir ya da yurtdisina.

6- Rahat postdoc: Unumu eledim elegimi astim modundaki postdoctur. Bunu tabir edecek en iyi soylem su ola: sikerler boyutuna ulasmak. Evet, sorry ama bundan iyi tarif edilemez. Bitse de gitsek modundadir. Garibim stajyer ya da master varsa altinda calisan, her sorusuna cevabi sudur: cok da sey yapma ya o da olur... 

7- Gicik PI: Bu kisi labin sahibi, Assosiated Prof ya da Proftur. Yani docent ya da proftur. Derslere girmek ve ders vermek o kadar sikicidir ki... Bence haklilar da yani ac kitabi oku ogren canim:D Velhasil kelam, bu insan labin diger uyelerine sunumlari sirasinda iskence edercesine sorular sorar. Bilemezse yerin dibine sokar. Sen hangi okuldan mezundun tatlim, modundadir.

8- Iyi kalpli PI: Bulunamadi.

9- Pek hevesli lisans ya da master ogrencisi: Bunlar ileride baslarina neler geleceginden habersiz, masum canlilardir. Her labda onluk giyer, gerekirse saclarini toplarlar ve sabah erkenden labda olurlar. Tuvalete gitmek icin izin isteyen kanatsiz meleklerim benim ya:) Her zaman eldiven giyerler ve surekli bilimsel sorular sorular. Ogrenmeye actirlar. Tabi ki bir yil sonra o eldivenler cikar, saclar acilir, makyajlar yapilir, quizler sallanir... 

Liste boyle uzar gider. 

Dipnot:   
Not ortalamasi soran hoca: Hayatimda sadece bir kere karsilastim. Kendisi turunun tek ornegi olabilir. Bogazicili sevgili dostlarim simdi biyik altindan guluyordur.

Neden Tıp Değil de Biyoloji/Genetik?

    Bunu o kadar çok soruyorlar ki artık bu konuya ayrı bir başlık açmak istedim. Kendime ait bazı sebepleri aşağıda sıralayacağım:

    Ben insanlarla uğraşmayı sevmiyorum: Evet, kesinlikle sevmiyorum ki Türkiye'deki insan profilini düşünürsek insanların yarısından fazlasının neden doktora gittiğini biliyoruz. İlaç yazdırmaya... Türk insanı doktorculuk oynamayı çok sever, o yüzden alternatif tıp bu kadar gelişmiş zaten, hepimiz şamanız mübarek. O yüzden genelde hasta deneme yanılma yoluyla kendisine hangi ilacın iyi geldiğini, ne zaman ilaç ne zaman serum verilmesi gerektiğini çok iyi bilir. Hiçbir doktor da bundan hoşlanmaz. (Hoşlananlar da olabiliyormuş gerçi ben şahit oldum geçen yıl). 
   Velhasıl kelam, demişler ki cahile laf anlatmak deveye hendek atlatmaktan zordur. E ben de karşımdakine aynı şeyi elli kere anlatmayı da sevmem, hele bir de konuşacağım konu hakkında alt yapısını bilmiyorsam ne anlatabilirim hastaya? Sonra da kalkıp "O kadar doktora gidiyorum ilaç yazıp yolluyorlar yahu" derler tabi. Çünkü öyle. Bir de hastayla hastayken muhattap olursun, sağlıklıyken görmezsin, so sad...

   Nöbet reality: Benim için uyku çok önemli ki herkes için öyledir. Gece uykumu alamazsam kilo veriyorum ve depresyona giriyorum. Hayatımdan nefret ediyorum etc.. 24 saat nöbet tutamam zannediyorum. Vallahi düşününce doktorları çok takdir ettim şu an..

   Emeğin karşılığını alamamak: Türkiye'ye spesifik konuşacağım bu konuda. Doktorun verdiği emek yanında aldığı para... Gerçekten ayıp. Milletvekilleri o paranın iki katını mecliste uyuyarak alıyor. Evet güzel para kazanıyorlar ama hak ettiklerinden çok çok az alıyorlar. Neden kendimi öldürteyim ayrıca manyak hasta yakınlarına? Ya da neden dayak yiyeyim elin malından? Labdaki balıklar ya da sinekler beni hiç öldürmeye kalkmadı... Maddi konuya gelirsek Amerika'da ve Avrupa'da sanırım maaşlar çok daha iyi.

  No Araştırma-Geliştirme: Benim için en önemli sebep zaten bu. Yine Türkiye'ye özel söyleyeceğim, kimse ileride "ooo büyük araştırmalar yapacağım, bilim adamı olacağım" diye kalkıp da tıp okumaz çünkü böyle bir şey yok. Azınlıkta olanlar vardır, mesela tıp fakültelerinin genetik anabilim dalları, ama yok yani o doktorların amacı hiçbir zaman bilim yapmak değildir ki zaten altyapı da yoktur. Bu konu da bana hitap eden bir şey değil. 

   Tıp okuyup yurt dışına çıkamamak: Şimdi diplomanın akreditesi denilen bir olay vardır, eğitimini Türkiye'de aldın ama Amerika'da ya da Avrupa'da yaşamak istiyorsun, ne yapacaksın? Akredite alman lazım. Zaten 6 yıl okumuşsun Türkiye'de bir de yurt dışında yaşayacağım diye bu muhabbetlere girersen kaç yılın daha gider bilmiyorum. Ayrıca ne kadar mümkün onu da bilmiyorum. Daha doğrusu mümkün olduğunu biliyorum ama çok zor. Bir defa o ülkenin dilini öğreneceksin... Ama Türkiye'deki moleküler biyoloji ve genetik bölümünden mezun olursan zaten ya mühendislik fakültesinden ya da fen-edebiyat fakültesinden mezun olacaksan ve B.Sc. diploman olacak. Bu da demek ki her yerde geçerli. Bknz: ben, şu an Türkiye'de değilim bir çok arkadaşım gibi. Ama eğer yurt dışı hayaliniz yoksa zaten bu madde sizi bağlamaz. 

   Kan, açık yara ve iğne görmeye dayanamamak: Evet, itiraf ediyorum korkuyorum iğneden:) Yok aslında korkmuyorum da çok da şey yapmamak lazım... Evet aslında yanımdaki bir insan düşse yaralansa açık yarasına bakamam, içim bir hoş olur, vücuduma ne zaman iğne girse tansiyonum düşer falan fişmekan... Yatırırlar beni. Ayrıca çok duygusalım, acilde çocuk görsem ağlarım herhalde. He zamanla o insani duyguların gidiyor, alışıyorsun, kasap gibi bir şey oluyorsun sorun olmaz diyenler de var ama ben duyarsızlaşmak ve duygusallığımı, insaniyetimi kaybetmek istemiyorum ki...

   10 yıl sonra kendini nerede görüyorsun? diyenlere: Kendimi hastanede ilaç yazarken, nöbet tutarken, ya da ameliyat yapıp dikiş dikerken göremiyorum. Ama şöyle laboratuvarda kalp, böbrek, dalak falan yapsam kendi kendime hiç fena olmazdı...

   Bir spesifik neden: Benim tercih yaptığım dönem İngilizce tıp çok azdı ve ben kesinlikle emindim İngilizce okumak istediğime. Neden? Biyoloji değil de mühendislik ve işletme bölümünde okuyanlar daha iyi bilir, artık iş yerlerine başvururken İngilizce bilmek zorundasın, bilmiyorsan ya çok düşük maaşa çalışırsın (kime göre düşük? bana göre)ya da işsiz kalırsın. Benim durumumda İngilizce yurt dışına çıkmam için gerekliydi. Ama ya Türkiye'de kalmak zorunda kalırsam sorunsalı da vardı. Her zaman planladığınız gibi gitmeyebilir işler. Ben de İngilizceyi öğrenmek için en iyi yolun Boğaziçi'nden geçtiğini biliyordum çünkü yaşayarak öğrenmek lazım dili. O yüzden zaten buradan da elemiştim tıbbı (yani başlıca bir sebep değil ama yan sebepti).


  Peki neden tıpla genetik arasında kaldım: Çünkü tıp bitirip uzmanlığınızı genetik alanında yaparak da bilim insanı olabilirsiniz. Bknz: Dr. Yamanakasan Nobel ödülü alan bir doktor ama doktorluğu bırakıp biyolojiden devam etmiştir. İşte bu yüzden... Sonra benim için önemli tüm faktörleri düşününce (kampüsün çimleri de dahil) bu konuda karar kıldım. Ayrıca 6 yıl okuyacağım, sonra 4 yıl uzmanlık yapmam lazım. 10 yıl. Ki gerçekten genetik/moleküler biyoloji öğreneceğim zaman dilimi son 4 yıl olacak. İlk 6 yılki deli dolu emeklerime ne olacak?

Dipnot: Doktorlara saygım sonsuz. Onlar benim gözümde imkansızı yaşıyorlar. Emek veriyorlar insanlık ve sağlık için. Hatta bir doktorla tanışsam" oo çok cool, zekisin dostum.. " da oluyorum ama bana göre değil. Sormayın artık bu soruyu:D İçinizden ne geliyorsa onu yapın:)

Hata Yapmaktan Çekinmeyin! - Labda Yaptığım Hatalar/Sakarlıklar

Başka bir labda staja gittiğimde hele hele de ekstra bir efor sarfedip yurtdışına çıkmışsam, en çok korktuğum şey labda hata yapmak. Çünkü çok çok büyük bir ihtimalle kendi projemi yapmıyor, başka birinin projesine yardım ediyor oluyorum stajlarda. Kendi çalışmam ya da projem olsa yaptığım hatalara yanmam ama başkasının işi olunca kendimi çok kötü hissediyorum. Ama insanlar tabi ki hata yaparak öğreniyor.Şimdi aklıma gelen birkaç anımdan bahsedicem:)

Boğaziçi, birinci yılım:

Üniversiteye başlarken çok çok hevesliydim, hemen birinci sınıfta bir hocamızın labına stajyer olarak başladım. Süpervizörüm dünyalar tatlısı bir insandı:) Sağolsun yaptığım hatalara katlandı hep güler yüzlüydü ki bu çok önemliydi benim başlangıcım için... Velhasıl kelam bir gün bir insanın bir memelinin "gerçek bir insanın" DNA örneğini kaybettim:) Hem de ne! DNA örneğini kullandıktan sonra buzdolabına geri koyacaktım ve tüpler yerinden zıpladı rafa koyduğum anda. Etrafa saçıldılar ve bazılarını buldum/bulduk. Bir tanesini bulamadık ve  süpervizörüm de yanımdaydı. Hiçbir şey demedi hiç surat asmadı ama ben çok korkmuştum ve çok utanmıştım:) Sonradan bana daha fazla acı çektirmemek için sanıyorum, " o DNA ile işimiz bitti zaten" dedi süpervizörüm! :D O an kendime anca gelmiştim.

Japonya'daki stajımın ilk haftası:

PCR yapmam gerekiyordu (DNA nın istediğiniz bir bölgesini çoğaltmanızı sağlayan bir yöntem ve labda her gün yapılan bir şey). Bilenler için anlatıyorum önce, sonra basite indirgeyeceğim. Buffer olarak KAPATaq 5X Buffer yerine (ismi önemli değil) gidip restriction buffer olan CutSmart buffer kullandım :D Kullanmışım daha doğrusu... Sadece  üç nokta... Who the hell does that?? Galiba başka bir şey düşünüyordum o sırada:) 
Daha basit anlatmak gerekirse, hiç kullanmamam gereken bir solüsyonu kullandım deneyimde ve tabi ki çalışmadı. 
Oturduk süpervizörümle tartıştık ne olabilir diye. Tüplerin tepesine koyduğum kapağa kadar düşündük:) Kullandığım DNA nın yoğunluğunun düşük olabileceğini düşündüm ve arttırmaya karar verdim. Dondurucudan malzemeleri alacaktım ki bir baktım, başka bir buffer var:) Aptal ben... 

Bu konuyu çok baside indirgeyemeyeceğim ama lütfen Google'layın: Yine bir gün PCR yaparken, primerleri 1/10 dilute etmeyi unuttum ama süpervizörüme söylemedim sonuçlar çıkana kadar hehehhe... Çünkü deneyin yarısında farkettim. Neyse ki her şey çalıştı, sorun olmadı.

Bir gün DNA çıkarmak için balıkların kuyruğunu keserken (tabi ki önce anestezide bekletiyorum), balığın teki masadan bir fırladı, ben bir çığlık attım!:D Neyse teknisyen geldi, Japonca bir şeyler söyledi güldü gitti:) Neyse ben balığı buldum, hala yaşıyordu...

Yine bir gün PCR yapıyorum (Ben neden hep PCR yapıyorum?), DNA yı kullanacağım ki 3. uygulayışımdı aynı metodu, aynı DNA için. 32 tane balıktan özenle çıkardığım DNAyı masada elimin tersiyle iterekten yere döktüm ve şok oldum!  Kaldım öyle. Eldivenim olmasa kendimi çimdiklerdim herhalde... Soğukkanlı olmaya çalıştım çünkü uzun bir işlemdi benim için onu yapmak. Hemen çok kısa bir santrifüj yaptım ki içinde bir şey kaldıysa dibe çöksün. Çok şanslıyım ki sadece 1 mikrolitre kalmıştı dibinde ve hemen aldım kullandım. Ve sonuç... Çalıştı:)

He bir keresinde de bir sürü balık kuyruğu kestim DNA çıkarıcam diye, kalktım %100 yerine %70 alkol koydum:) Çöp! Değil tabi ki bir kısmını ayırmıştım bir önceki adımda, onu kullandım ama waste of time... 

En çok yaptığım hatalardan biri "labeling mistake"... Yani etiketleme hatası. Her zaman için önce tüplere ne koyulacaksa ismini yazıp sonra koymak gerek. Ama bazen aceleden yazmıyorum:) Sonra karışıyor. Veee çöp! Evet bu sefer çöp...

Yaaa işte... Oluyor böyle şeyler, ki daha neler neler yaptım da bunlar geldi şimdilik aklıma. Ama çok şanslıydım çünkü süpervizörüm hep ama hep güler yüzlü, siz de hep öyle olun:) Yanlışlarımdan öğrendiğim şeyler oldu. Siz de yanlış/hata yapmaktan korkmayın hata yapanları da lütfen korkutmayın. Önümde süpervizörü tarafından azarlanan arkadaşım da olmuştu sırf küçük hataları yüzünden ve ben bile çok kötü hissetmiştim... Onu daha iyi hissettirmek için elimden geleni de yapmıştım ama o azarın o kişinin bilinçaltında yarattığı yıkım çok kötü. Lütfen ama lütfen, yapmayın:) Yapıcı olun, yıkıcı değil...

Bugünlük bu kadar! Sayonara!! Goodbye ma lover! Goodbye ma friends! Adios amigos!

Biyologlar Ne Yapar?- Laboratuvarda Bir Günüm

Bu yazımı daha çok lise öğrencilerine ya da biyolojiyle alakalı bir bölüm okumayan arkadaşlara hitaben yazıyorum. O yüzden biyolog olanlara biraz sıkıcı ya da bayağı gelebilir:) Ama bölümle yakından uzaktan alakası olmayan insanlara bu basit şeyleri anlattığımda bayağı bir etkileniyorlar:)

Biyolojide birçok farklı çalışma alanı ve birçok farklı model organizma var. Genetik hastalıklar, evrim, protein yapısı, genom, transkripsiyon, epigenetik, nöroloji vb. birçok alan var ve tabi ki benim burada adını söylemediğim alanlar da...(Türkçelerini bulmak zor gelmedi desem yalan olur). Model organizma dediğimiz şey de çalışma  alanına ve konusuna uygun bitki, hayvan, bakteri, virüs ve benzeri canlılar. (Bakteri ve virüsten emin olamadım tekrar okuyunca, bakterilere organizma denilir mi ki ?)En son duyduğum ilginç bir konu kazanılmış bağışıklık konusunu zebrafish (zebra balığı) üzerinde çalışmaktı sanırım..

Bana göre çok genel anlamda yaptığımız şey hücrenin içindeki kompleks DNA, RNA ve proteinler arası ilişkileri araştırmak, hücre içinde bu yolaklar arasındaki bağlantıları kurarak hücrenin içindeki moleküllerin görevlerini anlamaya çalışmak. Bunun yanında hücreler arası iletişim, doku ve organ seviyesinde de araştırmalar tabi ki var. Fakat onlar da yine DNA, RNA ve protein seviyesindeki farklı levellerden geçiyor..  Sonuçta eğer araştırma konusu medikal seviyeye taşınabilecek bir konuysa yeni bir ilacın veya aşının, kanser vb. hastalıkların tedavisinde kullanılabilecek yeni yöntemlerin ya da genetik taşınan hastalıklara sahip bireylerde tedavinin keşfini sağlayabilir. Eğer medikal alanda bir kullanımı yoksa, ki bence her çalışmanın illa ki bir katkısı var,  çalışma evrimi kanıtlamaya (ya da daha güzel söylemek gerekirse evrimsel biyoloji) yönelik oluyor daha çok. Yani ben böyle algıladım olayı daha çok..

Laboratuvarda yapılan ve çok da komplike olmayan birkaç şeyden bahsetmek istiyorum gözünüzde biraz resimler oluşturmak için. Sadece metot olarak... Örneğin kullanılan model organizmanın bir parçasından ya da tümünden DNA çıkarmak, bu DNA'nın belli bir bölgesine genetik manipülasyonda bulunmak, mesela bir kısmını kesip atmak ya da başka bir canlıdan alınan geni eklemek, DNA'nın belli bir bölgesini çoğaltarak bilgisayar ekranında gözle görülebilir hale getirip uzunluğunu belirlemek, DNA nın istenilen bir bölgesini sekanslayarak A,T,G,C dizisini belirlemek, yapılan genetik manipülasyonun DNA'dan oluşturulan protein, hücre ve organizma üzerindeki etkisini belirlemek, yeni genler bulmak vb. 

Şu ana kadar farklı laboratuvarlarda staj yapma imkanım oldu. Lablarda kullanılan model organizmalar arasında, kurbağa, aiptasia (Türkçesi var mı ki? deniz mercanlarına yakın), deniz mercanları, drosophila (sinek, genetiğin kraliçesi), zebra balığı, medaka balığı, A. thaliana (bitki), tavuk ve fare var. Daha fazlası da var.. Her birinin kendine has avantajları ve dezavantajları var. Bunlara şimdi girmek istemiyorum yoksa bitmeyecek yazı:)

Bence en güzeli bugün neler yaptığımdan örnekler vererek açıklamak. Şu an Japonya'da bir labda staj yapıyorum ve çalışma alanı medaka balığında cinsiyetin nasıl belirlendiğini araştırmak. Ne alaka değil mi:) Medaka balığının birçok farklı türü var ve bunlarda cinsiyetin belirlenmesi farklı kromozom yapılarına bağlı olabiliyor, hatta bazen sadece sıcaklığa bağlı. Örneğin, memelilerde yani mesela bizde X ve Y kromozomları var cinsiyet kromozomları olarak; XX dişi, XY erkek. Ama bazı balıklarda hatta tavukta da böyle, Z ve W kromozomları var cinsiyeti belirleyen ve ZW dişi iken ZZ erkek. Ama bazı balıklarda durum XX ve XY. Bazılarında ise hatta sürüngenlerde de sıcaklığa bağlı olarak belirleniyor cinsiyet...

Burada amaç cinsiyeti belirleyen geni bulmak, henüz bilinmiyor bizim üzerinde çalıştığımız medaka balığı türü için. Biz de DNA üzerinde cinsiyeti belirleyebileceğini düşündüğümüz genleri DNA'dan çıkarıyoruz (evet, direkt hedef alabiliyoruz artık spesifik bir bölgeyi). Sonra bakıyoruz ne olmuş hayvana. Ben, mesela, bugün maalesef hayvan severleri üzen şeyler yaptım (laboratuvarda bunlara alışık olmak lazım bu alanı düşünüyorsanız) ve hayvanları deney için kurban etmek zorunda kaldım. Çünkü testis ve yumurtalıkları inceleyip normal bir balıkla kendi yarattığımız mutant balığı karşılaştırmak zorundayız. 

Balıkları dişi ve erkek olarak ayırdım, sadece yüzgeçlerine bakarak bunu yapabilirsiniz. 

Dişi ve erkek medaka balığı

Daha sonra anesteziye aldım ve ardından testis ve yumurtalık kısımları içinde kalacak şekilde kestim (Evet biliyorum kötü, ben de kötü hissettim)

Anestezi verilen balık

Kesme işlemi için aletler

                                                                       
Daha sonrasında, önceden hazırladığım ve dokuyu "fix" etmek yani dokunun çürümesini bozulmasını engellemek için kullanılan bir karışıma koydum balıklardan kestiğim kısımları (Hani şu filmlerde kavanozların içine ilginç hayvanlar koyarlar ya bir sıvının içinde, onun gibi). Bir sonraki adım da kesilen kısmı mum içine koyup dokudan kesitler alıp organı kesitler halinde incelemek olacak. 

Bunun dışında DNA'nın bizim ilgilendiğimiz bölümünü çoğaltıp balık homozigot mudur, heterozigot mudur yoksa normal midir ona bakıyorum... Bu terimler için lütfen Google:) Buna da "genotyping" deniyor. Labda en en en çok kullanılan metot bu bence. Her labda yaptım yani bunu. Diğer bir deyişle polimer zincir reaksiyonu Google'lamak isterseniz (Türkçe yazarken bayağı zorlandım çünkü ben bunların Türkçesini hiç öğrenmedim... Sorry:/  )

Burada tabi kendi balıklarımın bakımından da sorumluyum. Balıkları çiftleştirme( yani sadece aynı akvaryuma koymak, çok kötüsün), yumurtalarını toplama, gerekirse akvaryumu temizleme (bununla teknisyenler ilgileniyor genelde) vb seyler...

Geçen aylarda başka bir balık labında sadece tek bir hücre olan yeni döllenmiş yumurtaya iğneyle enjeksiyon yapıp istediğimiz RNA'ları transfer etmiştim ve canlıdaki değişiklikleri gözlemlemiştik. Bu baya "cool"du benim için hatta olumlu sonuçlar almıştık.

Birazcık kendi günlük yaptığımdan bahsederek kafanızda bir şeyler şekillendirmek istedim. Eğer bunlar ilginizi çekmiyorsa ya bu bölüm size göre değil ya da bu çalışma alanı. Seçiminizde kolay gelsin:)

Görüşmek üzere!!!

Yeni Başlayanlardan Sorular:)

Yeni dönem herkese hayırlı olsun!:)

Özellikle tercih döneminde soru yağmuruna tutuluyorum. Cevapları buraya koyarsam herkese yararlı olur diye düşündüm. Gelen soruları bir kısmı ve benim verebildiğim kadarıyla cevapları şöyle:

-Şu an neler yapıyorum?

Daha önceden buna cevap verdim mi hatırlamıyorum, uzun süredir yazmadığımı keşfettim. Şu an (22 Ağustos 2016) Almanya Heidelberg Üniversitesi'nde Molecular Biosciences programına kayıtlı bir öğrenciyim. Ana dalım Developmental and Stem Cell Biology, isteyerek severek seçtim:) Yakında deneyimlerimle ilgili video yapmayı düşünüyorum o yüzden burada kısa cevap vereceğim biraz. Aynı zamanda öğrenci asistanı olarak para kazanmaya da çalışıyorum, azıcık da olsa. Şu an birinci yılımın sonuna gelmek üzereyim. Master programından çok memnun kaldım, bir sürü farklı labda farklı farklı model organizmalarla deney yapıp deneyim kazanma şansım oldu. Hatta önümüzdeki ay staj için Japonya'ya gidiyorum. Hem de uçak biletlerini ve kalacak yeri karşılıyorlar!!:)




-İkinci yabancı dil olarak ne alalım Boğaziçi'nde?

Açıkçası bu neden dil öğrenmek istediğinize göre değişen bir durum bence. Sırf dil öğrenmeyi seviyorsanız ve dil zekanız da varsa zaten hangi dili öğrendiğinizin bir önemi yok, Latince bile öğrenebilirsiniz ki bence çoook cool.. Ama ileride bir ülkeye yerleşmek, orada master/ doktora yapmak istiyorsanız tabi ki o ülkenin dilini öğrenmek daha yararlı olacaktır sizin için.

Ben lisede birazcık Almanca öğrenmiştim. Üniversitede de üstüne koymaya çalıştım, tabi çok vakit bulamadığımdan pek bir şey koyamadım. Dil konusunda pek iyi değilim sanırım. Hazırlık okudum yani öyle düşünün (utangaç imoje). Şu an Almanya'da bir yıldır yaşıyor olmama rağmen diline hakim değilim çünkü Almaya'da şöyle bir olay var: Küçük şehirler direkt üniversite şehri yani üniversiteler olmasa çok daha küçük olacaklar ve üniversitelerdeki öğrenciler bayağı bir uluslararası olduğundan tüm sorunlarınızı İngilizce ile çözebiliyorsunuz. Sokakta, markette, barda her yerde İngilizce konuşuluyor. Zaten mastera odaklandığım için (her ne kadar dil kursuna yazılmış olsam da boşuna para ödedim çünkü zamanım yoktu) dil konusu ikinci planda kaldı benim için.

Soruya geri dönecek olursak da dil öğrenmek istediğiniz zaman ileride bu dille ne yapacağınızı düşünün. Fransızca öğrenip ileride Almanya'nın kuzeyinde yaşarsanız bir anlamı kalmaz. Ya da dünyada en çok konuşulan dillerden öğrenebilirsiniz; İspanyolca, Çince, Rusça.. Ben geçmişe dönsem ve imkanım olsa Latince ve Almanca (daha iyi bir seviyede) öğrenirdim.

Ama sonuç olarak yabancı dil öğrenmenizi kesinlikle tavsiye ediyorum.




-Fine arts başlıklı dersler var, alalım mı?

Kesinlikle ve kesinlikle evet!! Boğaziçi'nin en çok sevdiğim yanı da bu zaten. Sizi günlük sıkıntı ve stresten uzaklaştıran doğayla iç içe sosyal ortamı. Bir çok farklı sporu yapabilirsiniz ve sanat dallarını da. İlgi alanınızı ders olarak bulamazsanız klüpleri araştırın mutlaka bir şeyler bulacaksınız. Keşke İşletme okusaymışım da daha çok zamanım olsaymış bu tarz şeylere ;) (birileri kızacak ama n'apalım).
Bu dersleri alırken dikkat etmeniz gereken şeyler;
   -Sizin ilgi alanınıza giriyor mu gerçekten buna dikkat edin tabi ki. Add-drop dönemine kadar dersi deneyip, add-drop'ta drop edebilirsiniz.
   -Level level ilerleyen dersler varsa , mesela Swimming 1, Swimming 2... gibi doğru leveli seçtiğinizden emin olun. Yine deneyip görebilirsiniz. Bir de her dönem her level açılmıyor olabilir. Mesela siz yüzme dersinin varlığını 2. dönem farkettiniz ama sadece advanced swimming dersi var, bu durumda diğer dönemi beklemek zorunda kalabilirsiniz. Bu durum fine arts dışındaki derslerde bu şekilde ama fine arts derslerinde de bu şekilde miydi bilmiyorum, kontrol edin mutlaka.
   - Bazı bölümler bu dersleri 'credit' olarak alamıyor maalesef, hatta bazı bölümler dil derslerini bile Credit olarak alamıyor. Yani noncredit almanız lazım mı onu baştan bilin. (Credit ise mezun olduğunuzda toplamda saydırmanız gereken kredi sayısından düşerek sizi rahatlatacaktır, 1 kredi de olsa..) Bir de neye saydıracağınızı önceden bilin, hangi dersi alırsanız alın bunu yapmalısınız. Ben extra kredi ile mezun olan biri olarak abartmışım biraz mesela:)

Bu arada ben painting almıştım, bir de fine arts değil ama Introduction to Film Analysis ve Short Film almıştım seve seve..


-Bölüm hakkında tavsiyeler?

  1- Derslere gidin, gerçekten yapın bunu. Çünkü iki saatlik derste 50 sayfa işliyor hocalar, ve ben her defasında aptal gibi 4 yıl boyunca hocaların anlattığı yerlere odaklanmak yerine gidip o chapterların hepsini okur, bir güzel yazar-çizer sonra da sınava girerken yarısını unuturdum. Çünkü iki vize bir final var. 6 ders alsanız her ay 6 sınava giriyorsunuz ve yurt dışındaki - ders, ara, sınav- mantığı yok -ders, ders ve sınav, ders, final, sınav- gibi saçma sapan bir şey var. Sürekli ders çalışmak ve devam eden dersleri takip etmek zorundasınız. Ama eğer derslere girerseniz kitaplardaki her şeye çalışmanız gerekmediğini ve bunun zaten mümkün olmadığını anlayacaksınız. Aslında mümkün ama sonuç benim gibi asosyal bir yaşam, kendine vakit ayıramama, sinir-stres vs. Ki  bu arada hocalar güzel anlatıyorlar, genelde;)  Eğer sıkılıyorsanız bu çoğunlukla hocadan değil, konseptin kendisinden ya da öncesinde 6 saat derse girmiş olmaktandır...

2- Lab deneyimi çoooook önemli. Teorik derslere kasın evet ama deneyimi de göz ardı etmeyin. Yaz tatilleri zaten 4 ay, 2 ay staj yapın. Birinci sınıf da olsanız fark etmez. Bir projenin parçası olun.

3- Soru sorun. Aptalca ya da çoook basit olduğunu düşünseniz de sorun. Derste konuşmaktan ya da yanlış cevap vermekten çekinmeyin. En fazla doğrusunu öğrenirsiniz. Dersler dışında, bilimsel soru sormayı öğrenin. Bilimsel bir soruna nasıl yaklaşılacağını öğrenin. Özellikle moleküler biyoloji metotlarını iyi bilin, neden yaptığınızı ve sonuçta read-outunuzun ne olduğunu. Örneğin; PCR, Western-Blot, EMSA...

4- Dönem arkadaşlarınız sadece derse girerken selam verip dersten çıkarken bye bye dediğiniz insanlar olmasın, ders dışında bir araya gelin.

5- Ben bilim klübüne hiç katılmadım, çünkü daha lisans olduğumdan ve yeterince makale okumadığımdan zaten konferanslara katılsam da bir şey anlamayacağımı düşünürdüm. Yine aynı şeyi yaparım ama bence siz yapmayın:) Klübü canlı tutun, çevrenizi geniş tutun.

6- Hocalarınızın ne konular üzerine ve hangi model organizmalarla çalıştıklarını bilin, yüzeysel de olsa.

7- Mezun olana kadar ilgi alanınızı bulmaya çalışın, bu da farklı lablarda deneyim edinmekten geçiyor.

8- Boğaziçi'nde çan sistemi bilgi paylaşımını engelliyor. Ama bilim insanı olacaksanız bilim için çalışmalısınız kendi kişisel yararınız için değil. Bir araya gelip ders çalışın, soru sorun. Hiç kimsenin fikri olmadığı soruları hocalarınıza sorun. Cevaplamaktan mutluluk duyacaklardır. 

9- Lab raporu yazmak çok sıkıcı evet ama ertelemeyin. Sürekli erteleyince son gün sabahlıyorsunuz. Ve lab raporu yazmanızın (Eğer özenip önem verirseniz) sizin konuyu çok daha iyi anlamanızı sağlayacağını ve lab sınavlarında yükünüzü hafifleteceğini unutmayın. 

10- Günü gününe çalışın demeyeceğim çünkü bu yalan. Öyle bir şey yok, bunu unutun. Günü gününe çalışamıyorum, what is wrong with me!? diye depresyona girmeyin çünkü bu sizin değil eğitim sisteminin suçu. E o zaman n'apcaz? Yapcak bi şey yok zıçtınız:) Yok yok derslere girin, önemli yerlere çalışın, önceki yıllarda çıkmış sorulara bakın, geçersiniz. 

Şimdilik benden bu kadar. See ya!